庚申待ち行事のご本尊もしくは神は、青面金剛か猿田彦命ですが。
庚申待ちそのものが厳格な佛式でも神式でもなく、あくまでも民間信仰ですよね。たぶん、神社佛閣で庚申待ちを正式な行事として実施しているところは、ないんじゃないかな（無責任な当て推量ですが）。
つか、そもそも三尸の蟲だの天帝だのって時点で道教や陰陽道のカラーですからね。
猿田彦命はともかく。
青面金剛は見た目は明王部の御姿ですが、実は佛教にそのような明王や佛は存在せず、庚申待ち独自の存在と思われます。言ってしまえば、役小角が体現し自らの本尊とした蔵王権現と同じです。
そう思うと、庚申待ちは修験道の影響も受けているのかもしれませんね。
いかにも神佛習合ウェルカムな日本らしい、というところでしょうか♪
